Es war lange Zeit unklar, wann der Bahnhof zum Regionalbahnhof ausgebaut wird. Ursprünglich sollte er schon 2007 fertig gestellt sein. Anfangs wurde es aus Kostengründen immer wieder verschoben. Ab März 2015 stand die Deutsche Bahn AG dem Projekt derart ablehnend gegenüber, daß sie sogar einen Planungsstopp verhängte. Der Grund waren aber nicht mehr die Kosten, denn die Stadt Berlin ist inzwischen sogar bereit die Kosten zu übernehmen. Nun befürchtete die DB AG, daß das Regionalbahnangebot zu intensiv genutzt werden würde, so daß die Regionalbahnlinien überfordert wären.
Ab dem 1. Oktober 2015 wurde wieder beabsichtigt, einen Regionalbahnhof zu errichten. Aufgrund einer Planungsänderung begannen die Planung allerdings von vorne. Am 17. März 2023 sollen die Baumaßnahmen beginnen und im Juli 2027 abgeschlossen werden.
Die Fahrtzeit vom Bahnhof Köpenick zum Bahnhof Zoologischer Garten soll dann nur noch eine halbe Stunde betragen, nach Frankfurt (Oder) 40 Minuten und nach Potsdam knapp 50 Minuten.
Der Bahndamm wird für ein zusätzliches Gleis verbreitert, damit Fern- und Güterzüge ungehindert mit maximal 60 km/h überholen können. Der Regionalbahnsteig wird 220 m lang, wovon 150 m überdacht werden. Der Bahnhof erhält einen neuen Ausgang und dort auch einen zusätzlichen Aufzug. Das leider denkmalgeschützte Empfangsgebäude wird zwar saniert, behält aber mehr oder weniger sein vermutlich weiterhin tristes Erscheinungsbild. Rolltreppen wird es nicht geben. Die Brücke über der Hämmerlingstraße wird in Vorbereitung für die unbestimmt in die Zukunft geplante Westumfahrung auf 27,7 m aufgeweitet. Die Bahnbrücke an der Bahnhoftrsße wird auch verbreitert, aber nur von bislang 16,5 m auf 19,3 m. Zusätzlichen Raum bekommt dabei im Wesentlichen nur der Fuß- und Radweg auf der Westseite. Deshalb verbleiben die Bus- und Straßenbahnhaltestellen wo sie sind. Auf einer Länge von 4200 m werden auf der Südseite 3-6 m hohe Aluminium-Schallschutzwände entstehen, die an besonders auffälligen Stellen teilweise transparent sein werden.
Historisches: Die Straße entstand, um den am 23. Oktober 1842 eröffneten Bahnhof Köpenick mit der rund 1,5 km entfernten Köpenicker Altstadt zu verbinden.
1876 wurde der Bahnhof in einen Vorortbahnhof umgewandelt und die Bahnhofstraße gepflastert. Zwischen 1899 und 1902 erfolgte ein grundlegender Umbau des Bahnhofs. Die Gleise wurden zugunsten der querenden Straßen auf einen Damm verlegt und es wurde ein eigenes Vorortgleispaar verlegt. Zwischen 1928 und 1929 wurde der Vorortverkehr auf das noch heute genutzte elektrische System umgestellt. Seit dem 1. Dezember 1930 wird der Vorortverkehr als S-Bahn bezeichnet.
1882 wurde der Betrieb der "Pferdebahn" auf der Strecke Schloßplatz (Anmerkung: Altstadt Köpenick) - Bahnhof Cöpenick aufgenommen. 1903 wurde die Pferdebahn durch eine elektrische Straßenbahn ersetzt.
Rückseite des EKZ "Elcknerplatz" mit der Bahnhofstraße und dem EKZ "Forum" im Hintergrund. Rechts (nicht im Bild) ist der Bahnhof S-Köpenick.